Toà nhà Bảo tàng tọa lạc tại số 146, đường Hùng Vương, phường 3, thành phố Bến Tre, trong khuôn viên rộng hơn 13.000m2.
Ngôi nhà được xây dựng theo lối kiến trúc Pháp với những cánh cửa hình vòm đặc trưng, gồm một tầng trệt và một tầng lầu, diện tích 474 m2. Mái lợp ngói, tường gạch, cùng nhiều cửa sổ cũng hình vòm trên chạm đầu rồng hoặc sư tử. Bốn hướng đều có cổng ra vào với 3 mặt giáp với 3 con đường lớn: Hùng Vương, Cách Mạng Tháng Tám, Lê Đại Hành.
